Pendaftaran Peserta Didik Baru (PPDB) Madrasah Ibtidaiyah Diponegoro 03 Karangklesem dilaksanakan secara online dan offline, dibuka mulai bulan Januari 2026 sampai dengan Juni 2026. Hasil seleksi calon peserta didik akan diumumkan lebih lanjut. Peserta didik yang dinyatakan diterima wajib melakukan daftar ulang sesuai dengan jadwal yang ditetapkan oleh pihak madrasah. Apabila terdapat perubahan jadwal, akan diinformasikan lebih lanjut melalui pengumuman resmi madrasah.